Redondo日记本 | Take notes online

DAPI 即4',6-二脒基-2-苯基吲哚(4',6-diamidino-2-phenylindole)，是一种能够与DNA强力结合的荧光染料，常用与荧光显微镜观测。因为DAPI可以透过完整的细胞膜，它可以用于活细胞和固定细胞的染色。 在荧光显微镜观察下，DAPI染剂是利用紫外光波长的光线激发。当DAPI与双链DNA结合时，最大吸收波长为358nm，最大发射波长为461nm，其发散光的波长范围含盖了蓝色至青绿色。DAPI也可以和RNA结合，但产生的荧光强度不及与DNA结合的结果，其发散光的波长范围约在400nm左右。 DAPI的配制及贮存 贮存液：70%酒精溶解，浓度100 μg/ml，配好后用锡纸包起来，避光，可在4℃下长期保存。 使用浓度：贮存液用1xPBS稀释1000倍，最终浓度100 ng/ml。 荧光封片液：0.5 mol/L碳酸盐缓冲液与甘油等体积混合，pH9.5 染色与观察：制好的玻片上滴加几滴DAPI染液，染色10分钟，流水冲去染液，滤纸吸除多余水分，加一滴荧光封片液，置于荧光显微镜下观察，激发波长360-400nm。 注意事项：DAPI可能具有致癌性，全部操作过程中必须带塑料或乳胶手套。 推荐厂商：invitrogen …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

核酸研究（Nucleic Acids Research，NAR）简介 Nucleic Acids Research (NAR) publishes the results of leading edge research into physical, chemical, biochemical and biological aspects of nucleic acids and proteins involved in nucleic acid metabolism and/or interactions. （由牛津大学出版社出版） Oxford University Press and the Editors of Nucleic Acids Research (NAR) launched an Open Access initiative for NAR in 2005. This means that it is no longer necessary to hold a subscription in order to read current NAR content online. 最近三年的影响因子为：（查看更多杂志的影响因子，点击这里） 2008 年    6.8782007 年    6.9542006 年    6.317 自2002年起，NAR杂志每年都有一期专门介绍基于web的生物信息学资源的专刊。这些生物信息资源以分子生物学数据分析（如：蛋白质相互作用，蛋白质-核酸相互作用等）和图像软件（如：蛋白质三维结构/核酸三维结构显示）为主。这些生物信息学在线工具对于每一位生命科学专业的同学都是非常有帮助的。 最新这一期的专刊中介绍了112个生物信息学在线工具，包括蛋白质相互作用分析，生命科学数据库信息管理，DNA结构显示，在线PCR引物设计，生物医学文献挖掘和管理，RNA二级结构预测等等。如： …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

今天上午得闲去逛了逛位于中国科学院奥运村园区的国家动物博物馆，感觉还不错。上午10点到达场馆门口，一路耗时3分钟，唉，离得近就是有这点好处。进馆之后直奔4D电影播放厅，队伍蜿蜒排了很长，前面有八九十号人。没办法，等吧，还好周末是全天滚动放映（工作日周二到周五是一天四场，周一闭馆）。 这还是我第一次观看4D电影，心情小小激动了一把。刚进场，电影没有开始之前，荧幕上是浩瀚无际的星空，蓝色地球位于中央，下面是月球的表面，身着宇航服的太空人在远方站立。电影开始了，太空人跳着前进向我们走来，非常真实，太空人就跳到了我们眼前。这部电影名字是《Deep Sea Adventures》，讲述主人公到深海去探险，看到了各种各样的深海生物，最后还发现了外星人基地。开始时场景在未来的城市，高楼林立，“公交车”在空中穿梭，各式各样的交通工具都在飞，这个场景让我想到了动画The inner life of the cell里驱动蛋白拖着囊泡沿着微管行走的样子（观看动画）。未来城市或许真的会超越现在的平面化交通，出现类似电影中显示的立体网络化的交通，未来城市就好比一个内部构造及其复杂但井然有序的细胞。 电影中有这么几个场景给我印象深刻，一是主人公入水的一刹那，座位猛烈一震，配合有水滋到观众脸上，仿佛真的是观众自己潜入了大海。二，深海里有陡峭的山峰，非常壮观，我都怀疑这是在海底吗？以前真的以为海底景观就是水下沙漠，单调无奇，看来我错了。三，那条海底巨蟒绕着观众游弋了两圈，并逼近到面前，张开了大口，放映厅里不少小孩吓得哭叫起来...... 四，主人公发现了一条大峡谷，在靠近时突然猛坠下去，与此同时观众的座椅突然降低了一点，让观众产生下坠失重的感觉，不用说，又有不少小孩吓哭了...... 五，主人公发现了外星人基地，有无数只“外星老鼠”飞奔过来，观众座位上应该是有喷气装置，让观众体验到无数只老鼠从身边掠过，不由得毛骨悚然。 整部电影只有短短不到20分钟，但效果非常逼真，如身临其境一般，让人大呼过瘾。从放映厅出来再去各个展厅看了动物标本，脑子里还不时闪现刚才电影中的画面。这一趟来得很值啊！ …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

The Inner Life of a Cell 可以称得上是生命科学专业视频的最高境界了。虽然文字解说版能告诉你此刻动画中显示的是什么生命活动，但是我更喜欢配有背景音乐的那个版本，那才是科学与艺术的完美组合。不过，很可惜，google了半天也没有找到这段音乐到底是什么曲子。如果有谁知道，还望告知，不甚感谢！ 没看过看这部动画？点击这里观看吧！（国外站点） 或者这里观看（如果你无法登录国外网站） 这部动画由哈佛大学David Bolinsky领导完成的。Wikipedia上专门开设了“The inner life of the cell”这个条目，其中关于这部动画的作者是这样介绍的：David Bolinsky, former lead medical illustrator at Yale, lead animator John Liebler, and Mike Astrachan are some of the creators at XVIVO who made the movie. They created the animation for Harvard's Department of Molecular and Cellular Biology. Most of the processes animated were the result of Alain Viel's, Ph.D. work describing the processes to the team. Alain Viel is an associate director of undergraduate research at Harvard University. …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

【演讲人介绍】 朱棣文（Steven Chu，1948年2月28日－）， 美国物理学家，生于美国圣路易斯；华人血统，祖籍中国江苏太仓，曾获得诺贝尔物理学奖（1997年）。现任美国能源部部长。 1970年，获罗彻斯特大学数学学士和物理学学士。 1976年，获加州大学伯克利分校物理学博士。 1987年，任斯坦福大学物理学教授，是该校第一位华裔教授。 1993年，当选美国国家科学院院士。 1997年，获诺贝尔物理学奖。 2004年，任劳伦斯·伯克利国家实验室主任，是首位掌管这个美国能源部下属国家实验室的亚裔人士。 2009年，出任奥巴马政府能源部长。 朱棣文在哈佛大学毕业典礼上的演讲 演说日期：2009年6月4日 译者：阮一峰 原文网址：http://www.news.harvard.edu/gazette/2009/06.04/chu_speech.html 在线观看：http://vimeo.com/5007822 音频下载：http://harvardmag.com/media/2009-commencement-day-chu.mp3 【正文】 Madam President Faust, members of the Harvard Corporation and the Board of Overseers, faculty, family, friends, and, most importantly, today’s graduates, …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

北京时间2009年6月24日21点40分左右，Gmail 以及 Google 全线服务在中国大陆大部分地区不可访问，事态严重! 具体原因尚不清楚，但如果Google.com真的被封，Gmail、Google Docs、Picasa相册、Reader等存有我重要个人资料及研究资料的Google全线服务无法访问，这将对我的生活和工作产生非常严重的影响。忐忑、愤怒…… 关于此次访问故障的原因目前还不清楚，网友们有以下猜测版本。 版本一 这次google的全面被封，应该是演习性质，试探网民的反应，同时也给google一个警告，这会他们正庆功呢。 组长：“代号绿你全家的演习圆满完成，下面请XXX为大家讲几句话” 头目：“同志们辛苦了！” 喽喽：“为人民服务！” （本笑话来自月光博客回帖） 版本二 不是被封杀是因为中国政府要求Google在中国开展的所有业务必须使用中国境内的ip和服务器,现在在换服务器。（本消息来自饭否） 版本三 根据我的分析，这次封锁Google的方式并不新鲜，是采用域名劫持（DNS劫持）的方法，通过技术手段，将Google的各类境外域名解析到一个错误的地址，使得Google.com无法访问。（本技术性分析来自月光博客） 附：月光给出的解决办法 解决的方法是使用境外的域名解析服务器（DNS服务器），例如OpenDNS的服务，设置方法是，在“设置”-“网络连接”中找到宽带上网的连接，打开网络连接属性，选择Interner协议（TCP/IP）的属性页里，不要选择自动获取DNS，而要选择“使用下面的DNS服务器地址”，首选DNS服务器和备用DNS服务器分别设置为208.67.222.222和208.67.220.220，完成后重新连接上网，就可以摆脱服务商对我们的DNS劫持。（查看全文） 版本四 …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

本文由LSQ师兄原创，特别感谢投稿支持！ “做克隆最重要的就是质粒提取和感受态制作了，希望这篇注释对质粒手提者有所帮助。本方法操作得当，提的效果和Omega试剂盒的没什么差别。” 手提质粒—附带操作注释 1．将1.5ml培养物倒入微量离心管中，12000g离心30s，吸出培养液，使细菌尽可能干燥；[可用冰预冷的STE溶液1ml重悬，然后6000rpm离心2min，去上清，这一步是为了除去菌体表面残留的培养基和碎片等杂质，后续的反应干扰达到最小化] 2．将细菌沉淀重悬于100μl用冰预冷的溶液I中，枪打匀，不要有气泡，放冰上5min；[防止打匀过程中产生气泡的方法是将200ul的黄枪调到50ul左右，即100ul的一半左右，然后吹打，枪的量程调的太高是导致气跑产生的主要原因] 3．加200μl新配制的溶液II，II在第2步的过程中配置；    溶液II: 0.2mol/l NaOH +1%SDS（现配）[200μl 2M NaOH+200μl 10%SDS=2ml溶液II]   盖紧管口，快速[尽快开始摇但摇的动作要缓慢]颠倒离心管5次，以混合内容物，不要振荡，将离心管放置在冰上；[加II时可用黄枪头直接从管底部开始加，并逐渐往上，加的过程中就开始混合，效果较好] 4．加150μl用冰预冷的溶液III，盖紧管口，将管倒置后温和振荡10s使溶液III在粘稠的细菌裂解物中分散均匀[加法可参考II][实际上已经很粘稠了，只要放平EP管，旋转几圈混匀即可]，之后将管倒置于冰上3-5m； 5．以12000g离心5min，[最好10min]将上清转移到另一离心管中[用黄枪头吸，慢慢吸，不要将下层搅动起来][吸出上清，再离心5min，效果更好]； …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

单细胞微生物个体生长时间较短，很快进入分裂繁殖阶段，因此，个体生长难以测定，除非特殊目的，否则单个微生物细胞生长测定实际意义不大。微生物的生长与繁殖是交替进行的，它们的生长一般不是依据细胞的大小，而是以繁殖，即群体的生长作为微生物生长的指标。 群体生长表现为细胞数目的增加或细胞物质的增加。测定细胞数目的方法有显微镜直接计数法，平板菌落计数法，光电比浊法，最大可能数法以及膜过滤法等。测定细胞物质的方法有细胞干重的测定，细胞某种成分如氮的含量的测定，代谢产物的测定等。 显微镜直接计数法是使用血细胞计数板或计菌器来在显微镜下直接计数的，缺点是只能计活菌数。光电比浊法是根据当光线通过微生物菌悬液时，由于菌体的散射及吸收作用使光线的透过量降低。所以可利用已知菌数的标准菌悬液来作标准曲线，再将待测浓度的菌悬液放入分光光度计的参比池中进行测定，通过标准曲线推算出浓度。但实验结果受细胞的大小、形态及培养液的成分以及所采用的光波长等因素的影响非常大，要注意。 平板菌落计数法是将等测样品经适当稀释后，其中的微生物充分分散为单个细胞，取一定量的稀释液接种到平板上，经过培养，由每个单细胞生长繁殖而形成的肉眼可见的菌落，即一个单菌落应代表原样品中的一个单细胞。统计菌落数，根据其稀释倍数和取样接种量即可换算出样品中的含菌数。但是，由于待测样品往往不易完全分散成单个细胞，所以，长成的一个单菌落也可能来自样品中的多个细胞。因此平板菌落计数的结果往往偏低。为了清楚地阐述平板菌落计数的结果，现在已倾向使用菌落形成单位(colony-forming units，cfu)而不以绝对菌落数来表示样品的活菌含量。 该计数法的缺点是操作较繁，结果需要培养一段时间才能取得，而且测定结果易受多种因素的影响，但是这种计数方法最大的优点是可以获得活菌的信息，所以被广泛用于生物制品检验，以及食品、饮料和水等含菌指数或污染度的检测。 …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

让我们先设想一下生活中的这个常见情景：你有一个邮件包裹，要寄给海外的朋友。你将包裹密封好，出门，找了最近的一家邮局，填写邮寄单，称重，付费。然后安心回家等待，你知道只要不出任何意外，无论是通过海航、或是航空，只要经过一段必要的时间，那个包裹最后一定能够到达朋友的手中，而当朋友打开它的时候，它一定就像你刚才把它密封好交付给邮局时候那样的完整。 　　这就是通常我们日常生活里所熟悉的“邮件投递服务”，我们都称之为“可靠的”服务。 　　何谓可靠？ 　　一、它会大体按照预期按时送达。虽然随着距离的远近，传输方式的区别，到达的时间可能有快有慢，但这并不影响人们的预期，比如国内大城市之间的邮件 3-5 天之内送达，边远地区十天半个月，国际邮件半个月到一个月之间，等等。　　　　二、它是可追溯的。如果地址不小心写错，或者“查无此人”，这件无法送达的邮件包裹将通过原始途径逆溯回到本人，换句话说，不会出现“石沉大海”的情况。 　　三、它在中途是不被拆解的。无论邮局的业务员、中途投递的邮递员，或是只负责集装箱的搬运工，都是不允许在中途将邮件包裹打开，检查里面的内容的。因此，我们大可以让自己放心，无论自己在里面写了什么隐私，或是放了什么稀奇古怪的东西，我们都不会担心它被第三者看到，这是邮递过程所必须遵守的“诚信”准则之一。 　　尽管在现实中，这三条理想标准可能无法真正完满的实现，比如包裹因各种原因延期、因事故或人为因素导致丢失、包裹破损以致内容外泄，等等，但这些毕竟都是非常小概率的事件。我们仍然可以有理由从整体上相信，“邮件投递服务”是“最可靠”的服务之一。 　　换到互联网上，同样是电子邮件投递服务，与现实尽管是类似的，然而发生了一些微小的变化。 　　人们有两种最基本的方式来发送电子邮件，一种是 Web 方式，另一种是 SMTP （简单邮件传输协议）；同时人们也有三种最基本的方式来读取电子邮件，一种是 Web 方式，一种是 POP3 （邮局协议），还有一种是 IMAP （交互式邮件存取协议）理论上如果网络的物理连接没有问题，邮件服务器的配置没有故障，我们所希望的“可靠”服务的前两条都是可以达到的。 　　但是第三条，邮件内容是否被拆解，会不会被嗅探监听甚至重新组装。以上的这几种方式，都无法保障这一点。 …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：

 

什么是影响因子？ Journal Impact Factor is from Journal Citation Report (JCR), a product of Thomson ISI (Institute for Scientific Information). JCR provides quantitative tools for evaluating journals. The impact factor is one of these; it is a measure of the frequency with which the "average article" in a journal has been cited in a given period of time. 影响因子是由谁计算出来的？ The Impact factor was devised by Eugene Garfield, the founder of the Institute for Scientific Information (ISI), now part of Thomson, a large worldwide US-based publisher. Impact factors are calculated each year by Thomson Scientific for those journals which it indexes, and the factors and indices are published in Journal Citation Reports. 影响因子是如何计算出来的？ …… （未完，请点击日志标题阅读全文）

 

更多参考：