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相角决定方法
决定相角通常有三种常用的方法，分别是同型置换法（isomorphous replacement method） 、非寻常散射法（anomalous dispersion method） 以及分子置换法（molecular replacement） ，现在分述如下：
（1）同型置换法
同型重原子置换法最早的应用是在1954 年，用来解出血红蛋白hemoglobin 的相角，需要在晶体蛋白质的内部加入重原子。通常以浸泡的方法使重原子能够渗透（diffuse） 进入到晶体内部和蛋白质结合。这些重原子对X 光产生较大的绕射，对绕射点的强度会有明显的差异，根据这些差异，可定出重原子的位置，并进而推算出蛋白质晶体绕射光的相角。理论上，若是只获得一组重原子衍生物数据（single isomorphous replacement, SIR），经计算后，其解并不是唯一的；因此通常会结合数个不同的重原子衍生物所得到的数据（multiple isomorphous replacement, MIR）， 来求得更精确的相角。
（2） 非寻常散射法
较重的原子会吸收特定波长的X 光，运用接近吸收边缘（absorption edge）的X 光进行绕射实验时，会产生不寻常的X 光散射或吸收现象，称为非寻常散射（anomalous scattering），此一现象可导致绕射振幅及相角的改变。经由数个不同波长的X 光照射，记录吸收边缘前后所产生的不同绕射结果，可依此计算出相角。由于它使用数个不同波长，所以称为「多波长非寻常散射法」（multiwavelength anomalous dispersion, MAD） 。使用这个方法的前提是X 光的波长需依重原子的特性加以调整，而一般在实验室的X 光通常是属于固定波长的，并无法满足这个方法，所以非寻常散射法就需要利用同步辐射可变波长的光源来完成（5）。目前很多实验室使用硒化甲硫胺酸（selenomethionine）来取代甲硫胺酸 （methionine），在养菌的同时加入硒化甲硫胺酸，使蛋白质的形成过程带入含有重原子硒的硒化甲硫胺酸，接下来养出蛋白质晶体，在硒的吸收边缘进行绕射实验，并运用MAD 的方法来计算出蛋白质晶体绕射波的相角（图四）。
（3） 分子置换法
若是一个未知的蛋白质与另一已解出结构的蛋白质，在胺基酸序列具有30 %以上的一致性（identity），表示这两个蛋白质的结构可能类似，可以利用分子置换法来计算出未知蛋白质的相角。利用已知蛋白质之结构分子带入晶体中寻找旋转及位移的可能位置，解析出结构。随着蛋白质结构的增加，可以发现类似的蛋白质具有相同的折迭方式，而出现新的折迭的机率也相对减少，所以只要未知的蛋白质在蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB ）中，找到序列上具有同源性（homology）的已知结构时，即可在取得晶体绕射数据后，快速地运用分子置换法来解决相角问题。
